洁净室之应用，大致上可分为二大类，即工业用洁净室（IndustrialClean Room）简称 ICR 和生化、医疗及食品用无菌洁净室（BiologicalClean Room）简称BCR。ICR主要以半导体、光电产业、电子工业、光学零组件、精密机械、精致涂装、新材料开发及航太产业等为使用范围，其主要重点在控制尘埃粒子之数目；而BCR除了ICR 所具备之要求外，尚含以过滤或灭菌之方式对细菌及微生物等加以控制处理，如制药、医学、遗传基因产业、生命科学、医疗手术设施空间、食品及生物实验等，亦即BCR其主要之控制对象为微生物，表1-16为工业用洁净室之适用内容；表1-17 则为生化用洁净室之使用场所及等级要求表。工业与生化用洁净室之不同点，在于ICR之要求重点为：①提高产品之品质及良率，②节省产品工时及成本，③降低维修费用；而 BCR 则为在保护及防止作业人员与高浓度细菌、微生物之接触而生危险，并防止有害细菌、微生物或废空气扩散至外界，影响大众之健康，故其要求重点为：①防止细菌之感染传播，②提升食品及药物之品质，③延长食品及药物之储存期限。ICR 和 BCR 虽二者之目的不同，但洁净室标准则可套用，唯在实际设计时仍有部份差异处，须安为处理。如大部份之洁净室必须采正压设计之环境，但在有书细菌之质验至或基因培养室则必须是负压式之设计，此为设计生化用洁净室时须特别考虑之处。

现就生化洁净室之架构再作进一步之说明，生化洁净室乃是将微生物造成污染之空间于于积极控制，使达一定要求程度需求，此将空气无尘无菌化之开始始于 1950年代高效率过滤网之开发，而美国航空太空总署（NASA）之太空计划更导引了Biological Clean技术之发展，表1-18为美国航空太空总署NHB-5340-2对无菌室内细菌数量之规定；而表1-19则为欧盟对无菌药品的生产环境之规范。生化洁净室之应用范围句含了医院、制药品工厂、食品工厂等。其中在医院使用者如手术室、无菌病至及加护病房等；制药工厂则有注射药装填室、制剂室和抗生素物质培养室等；而食品工厂则为装填室和包装室使用点。

一般医院手术室用洁净室洁净度等级，依其手术种类不同而有不同之等级，其分类如表1-20所示。至于手术室之洁净空调规划则注意如下之几个要项：①手术室之功能及等级决定（依功能决定等级），②高效率过滤网之配置，③温度需可在17~27°C间调整，④相对湿度控制在45~55%之间，⑤室压保持正压，且送风机保有超过15%之送风能力，