高科技厂废水之来源主要有四种，分别为：（1）生产的制程废水：（2）纯水系统的再生废水及RO排放水：（3）废气洗涤塔中和液废水和（4）公司一般生活排放废水等。
1.生产设备的制程废水：此制程废水因使用多种不同化学药品，具有一定之浓度量，故一般可依排放种类及浓度而分为HF浓废液，HF 洗涤废水、酸碱废水、晶片研磨废水及制程Rinse 废水等，这些排放水依不同之分类管线收集而排放至废水处理系统加以处理或回收。至于另外收集之有机废液，如（Solvent，IPA），H2SO4等排放液则委外处理后再利用。
2.纯水系统的再生废水：纯水系统于再生时所产生的含塩酸与液碱再生水及冲洗液则直接排放至废水厂处理后排放。至于系统浓缩水，如逆渗透膜组（RO Membrane）和超限过滤膜组（UF）等则均于回收再利用。
3.废气洗涤废水：湿式洗涤塔于处理废气过程中，当循环液于达到饱和值时所更换排放之废液或平时溢流之废液则由排水管线收集后排放至废水处理厂处理。
4.一般生活排放水：卫生设备所使用排放之污水，先收集至预置之化粪池处理后，专管排放至废水处理厂；而厨房之厨余或清洗废水，则须先经除油处理及截流残留物后，再排入污水处理系统加以处理后排放。
