废水处理系统初期的规划良好与否以及运转时的操作管理完善度，完全影响了该系统的效率和处理品质，因此无论是初期的设计规划层面或是日后的运转维护管理层面，均是相当重要的考量面。

一般废水处理操作绩效的管理重点包括了三部分，分别是：（1）污染源管理，（2）设施设计规划，（3）运转维护管理。现分别述说如下：

1.污染源管理：包含厂内再利用，废水分流规划以及线上回收系统。厂内再利用部分含盖含铜废水、废有机溶剂、废硫酸和纯水设施再生废水等之回收处理再利用。废水分流规划则是将生产制程所产生的各种不同化学性质的废液予以分流管路规划，例如：废气处理废水、纯水再生废水、研磨废水、有机废水、酸碱废水、高浓度含氟废水、低浓度含氟废水、铜制程废水、空调设施所排放废水、生活废水和挥发性有机溶剂废水等分流收集管设计。至于线上回收系统，则有硫酸废液、异丙醇、剥离洗净液（DMSO二甲基颈）、剥离液（SPX）等和用水回收率之控制。

2.设施设计规划：如

（1）池体设计，其设有各种不同处理功能之池槽，像调节池、多段式反应池、酸碱中和池、沉淀池和放流池等。

（2）监控设施设计如氟离子侦测点数规划，多段式酸碱值调整，电导度侦测点数和流量计侦测点等。

（3）机械规格设计如堰长度、高度、排污泥速度、混凝机和胶凝槽机之转速控制等。

（4）防止操作中断设计，包含有紧急电力之供应，紧急回收处理设计，N+1设备设计和备用处理系统规划等。

3.运转维护管理：其含有四部份