系统管路之设计良好与否，不只直接影响了供水的品质，包含了流量、压力以及流速之稳定度，也间接牵连到产品之良率高低，故可见其重要性。

纯水管路之设计除了在2-3-1所提及的探回路设外，于管路空间布置方面亦须与其他系统管路做整体规划，而于终端使用点二次配之给水盘须有旁通管（By-Pass）及附有流量计和压力计之配置以为制程使用时调节之用。其分配盘架构如图 2-10 所示。在回路主管部份亦须安装背压阀（Back Pressure Valve），作为整体系统之调整，以避免部份尾端使用点压力及流量不足而影响生产线之运转。

在管路施工方面，于工程结束时须做好测漏检验，同时清洗整个管路系统。清洗方式分为三个步骤：第一步骤：以清水冲洗整个管路；第二步骤：以双氧水（H₂O₂）溶液或臭氧（O₃）对整个管路系统做消毒杀菌；第三步骤：杀菌完毕后再以纯水冲洗管路，直至化学药液被冲干净为止，再以N₂进行吹净（Purge）动作，以使整个管路系统之品质处在最佳状态下。由于管路须进行洗净消毒与杀菌工作，故在管路设计时，须预留排放阀以及加药冲洗阀，同时为了日常的取样分析，亦须在各支管设计小型取样阀，以利品质之管控。