SiO2或 SiNx 蚀刻保护遮罩，因此 MBE 在沉积时也会在发光区表面同时沉积多晶或非晶的半导体材料，在稍后制程中需要进一步移除，这也会增加制程的复杂性与困难度，同时串联干式蚀刻设备和高真空的MBE 系统使的整体制程技术复杂度和成本大幅提高，这也限制了利用 MBE 进行磊晶再成长的应用。
第三种方法为 MOCVD 再成长，搭配干式与湿式蚀刻技术进行蚀刻表面清洁后再将样品放入MOCVD 磊晶腔体中进行二次沉积，这个技术的主要优点在于 MOCVD对于不同结晶形貌的表面具有选择性沉积的特性，也就是说磊晶制程中通入的有机金属和先驱物在高温解离为成分原子后只会在具有相同或类似结晶构造与晶格常数的材料上反应生成磊晶层，而不会在非晶（amorphous）的介电质如SiO2或 SiNx蚀刻遮罩材料上沉积（除非磊晶成长厚度超过介电质遮罩材料甚多，侧向成长的磊晶层足以完全覆盖住遮罩图案，该技术在氮化镓材料磊晶成长中称为 epitaxial lateral over-growth（ELOG），被用来减少异质基板磊晶成长因为晶格常数差异所造成的高缺陷差排密度），如此一来也就可以避免上述利用MBE 进行磊晶再成长时可能遭遇到的问题。但是要成功采用MOCVD 进行磊晶再成长必须仰赖可靠的蚀刻表面先期清洗处理步骤，例如在完成干式蚀刻柱状结构后接着用湿式蚀刻溶液迅速进行蚀刻表面清洗以去除自然生成的氧化物并立即将干燥样品放入MOCVD 磊晶腔体中进行再成长。
